慢性肾功能衰竭是各种肾脏病末期致肾功能严重受损的阶段，因此其预后不良。但是慢性肾功能衰竭的预后与其基础病因密切相关，同时与其各种合并症和加剧因素有关。

有些引起的肾衰竭的原发病经治疗后，肾功能可望有不同程度的好转，少数病例可恢复到代偿期，至少能防止肾功能进一步恶化，因此积极治疗原发病是改善肾衰竭的重要措施之一。

如活动性肾盂肾炎引起的尿毒症经抗菌治疗后，病人肾功能可好转，甚至可恢复到代偿期，这和其他慢性肾脏病所致的尿毒症有显著不同。

肾衰引起的合并症如高血压、心力衰竭等也可加重肾功能的损害，所以积极纠正使肾衰加重的因素也能使肾功能衰退减慢。