肛肠疾病的腹痛主要是由大肠、包括阑尾、结肠、直肠各部位出现的病变所引起。这些疾病包括炎症、肿瘤、溃疡、穿孔、梗阻、肠扭转等。

根据起病的缓急可分为急性腹痛和慢性腹痛。

急性腹痛起病急、病情发展快，症状重，称之为急腹症。肛肠疾病中如阑尾炎、乙状结肠扭转、结肠憩室穿孔、肠套叠等都属于此类。有些疾病发病常常由较轻的腹痛渐变为较重的腹痛，因此临床上容易被忽略，延误诊断。

大肠癌、肠结核、溃疡性结肠炎、粘连性肠梗阻等慢性腹痛合并急腹症或引起肠穿孔时，应尽快手术。

由痛疼部位看，肛肠外科病引起的腹痛主要在下腹部，肠道炎症明显的时候，常会波及到邻近的腹壁肌肉，引起局部的触痛和肌紧张，由于神经分布的关系，大肠的炎症可引起反射性腹痛。如克隆氏病、阑尾炎、回盲部套叠、阿米巴痢疾等，常引起右下腹痛。乙状结肠溃疡性结肠炎可出现左下腹痛。直肠的病变常常有下坠感和腰骶部的痛疼。左右季肋部的痛疼多与结肠功能紊乱或过敏性大肠症候群有关。凡是因肿瘤、狭窄或其他原因引起的梗阻，在腹部的相应部位都会出现痛疼。

由腹痛的性质看，出现阵发性腹痛多为肠梗阻或肠痉挛。持续性钝痛多见于局部感染，如阑尾脓肿。如果腹痛患者喜温喜按，一般多为肠粘连造成的不全梗阻或肠痉挛。反之，拒按并伴有发热者，常为腹膜炎或阑尾炎。突然发生的剧烈腹痛常常提示肠穿孔、肠狭窄或肠系膜血栓形成。

肛肠手术后，由于肠功能减退，或肛管排气不通畅，常出现腹胀，并伴有游走性腹痛。经肛管排气后，痛疼立即缓解消失。