急性无并发症的尿路感染通常不引起肾脏瘢痕和进行性肾脏损害，成年患者更是如此。成年患者的慢性肾盂肾炎通常是幼年时代的肾盂肾炎逐渐演变而成的。前瞻性研究表明，在无糖尿病、结石、镇痛剂肾病或尿路梗阻等不利因素存在时，尿路感染是一种相对良性的病理过程，极少引起肾损害或肾功能丧失。

由于婴幼儿的肾脏发育不完善，故婴幼儿发生尿路感染时易引起典型的慢性细菌性肾盂肾炎的肾瘢痕，这种粗糙的肾瘢痕好发生于肾脏的上、下两极。此类肾盂肾炎称为慢性婴幼儿肾盂肾炎或慢性萎缩性肾盂肾炎，因肾盏受肾实质形成的瘢痕牵拉，故每块瘢痕组织下可见一扩张的肾盏。现有证据表明，尿路感染和膀胱输尿管返流之间的相互关系在肾瘢痕形成机理中起着关键的作用，肾瘢痕的严重程度似乎直接取决于小儿患者膀胱输尿管返流的严重程度。最严重的肾瘢痕发生于有肾内返流的患者。

肉眼可见肾脏萎缩，萎缩程度决定于病变的严重程度和均匀性。肾脏表面瘢痕形成区凹凸不平，肾被膜苍白且难以剥离，在肾脏纵横切面，病变轻微者大部分区域仍保留正常的皮质和髓质，而病情严重者，炎症与纤维化广泛地破坏肾脏正常结构，肾盂粘膜苍白和纤维化。

显微镜检查可见肾实质内有大量浆细胞及淋巴细胞浸润，肾小管呈不同程度的退行性变，部分肾小管扩张，其内含蛋白质分泌物，受累的肾小球发生纤维变性和明显的透明样变，常有动脉和小动脉壁增厚，除瘢痕形成区和慢性炎症区外，还可见斑块状急性炎症病灶，这样就使扩张肾盏之上的肾实质瘢痕变得不太典型。

因为慢性的细菌性肾盂肾炎及其他许多非感染性间质性肾炎的病理改变十分相似，因此组织学检查不能确定慢性肾盂肾炎的病因。常规尸检中发现，有慢性肾盂肾炎病理改变的发生率为10%～15%。毫无疑问，真正慢性细菌性肾盂肾炎的发病率要大大低于这一数字。