输尿管结石的正确诊断不仅是肯定有无结石还要确定结石的大小、位置，两侧肾的功能和肾积水的程度有无感染等。典型的肾绞痛与血尿是诊断的重要线索。在疼痛发作时肋脊区有压痛叩击痛。女性输尿管下端较大的结石能在阴道穹窿处触及。

90%以上的输尿管结石在尿路平片上可被显示草酸钙显示最佳，但需与腹腔淋巴结钙化、盆腔内静脉石阑尾内粪石和骨岛角相鉴别。静脉尿路造影主要了解结石的部位和肾功能与有无积水，必要时行大剂量尿路造影及放射性核素肾图检查均能进一步了解肾功能情况。膀胱镜检查与输尿管插管在结石处受阻，并拍平片钙化阴影在导管的同一平面即能肯定输尿管结石的诊断。阴性结石用空气为对比剂作逆行造影摄片，则可显示结石的存在另外CT及B型超声检查有助于对X线平片不显影结石的诊断。