临床上，一般根据病菌资料，结合抗生素的药理作用及病人的具体情况，选用抗生素治疗男性尿路感染。然而，男性尿路感染不象女性尿路感染能预测致病菌种和抗生素的敏感性，故治疗前，应先做尿细菌培养和药敏试验，根据结果调整治疗方案。男性肾盂肾炎的治法与女性相同。但单次剂量抗生素治疗则不适用于男性，大多数老年男性病例都有尿路异常或前列腺炎等问题，使治疗十分困难，疗程要延长。根据报道，疗程延长至6～12周，治好率明显地较常用的2周疗程要长。男性尿路感染的预后有利因素是尿培养出现单一菌种生长(尤其是大肠杆菌)，尿路无梗阻，或泌尿生殖道无功能性或解剖性异常。男性尿路感染的主要治疗问题是菌尿反复发作，即治疗者看似成功，但一个月内又复发，且为同一致病菌引起。这多因慢性前列腺感染未能用标准抗生素疗程消除，或因尿路功能性、解剖性异常导致治疗方案失败。对于这类反复发作的病人，可考虑选用下述3种方案之一：①长疗程抑菌疗法；②每次发作重新按6～12周疗程治疗；③外科手术矫治。选择取决于患者年龄、性活动、全身状况以及是否有膀胱出口梗阻。

急性细菌性前列腺炎的致病菌常与膀胱炎相同。病人几乎都有菌尿症，而且常有全身性疾患，需要抗生素胃肠道外给药。大多数抗生素到达急性炎症腺体的浓度都高，故青霉素类、头孢类、氨基甙类等抗生素均有效，但慢性前列腺炎对上述抗生素的穿透力大减，疗效降低，故目前主张采用在前列腺有高浓度的抗生素，尽管长期(6～12周)使用上述抗生素，慢性细菌性前列腺炎的治疗失败率仍高达30%～40%。反复几个疗程或长期预防性使用抗生素对一些病人会有帮助，必要时，需行前列腺摘除术，尤其是前列腺结石病人。