阴道毛滴虫病的致病力随着虫株及宿主生理状况、免疫功能、内分泌以及阴道内细菌或真菌感染等而改变，尤其是妇女在妊娠及泌尿生殖系统生理失调时更易出现炎症。感染数天后，阴道粘膜出现充血、水肿、上皮细胞变性脱落，白细胞炎症反应。健康妇女阴道因乳酸杆菌作用，pH值维持在3.8-4.4之间，可抑制其他细菌生长，不利于滴虫生长，称为阴道的自净作用。然而滴虫在阴道中消耗糖原，妨碍乳酸杆菌的酵解作用，影响乳酸浓度，从而使阴道pH转为中性或碱性。妊娠及月经后的阴道生理周期使pH接近中性，这些都有利于滴虫繁殖，因而感染和复发率较高。

感染初期，毛滴虫对阴道上皮细胞粘附，并产生细胞外毒性因子。粘附过程除涉及到至少四种粘附蛋白(2-65KD)的参与外，还与毛滴虫的阿米巴样变形有关，已报道毛滴虫分泌的毒性因子包括：细胞分离因子，两种半胱氨酸蛋白酶(30KD和6KD)，以及一种溶血毒素。溶血作用可能是滴虫与红细胞直接作用的结果。

滴虫借前端四根鞭毛的摆动向前运动并以波动膜的扑动作出螺旋式运动。

阴道毛滴虫属厌氧寄生原虫，对外环境有较强的适应性，能在25-42℃中生长繁殖，3-5℃仍能存活21天，在半干燥状态下生存能力较差，但尚能生活6小时。pH为5.5-6.0，为最适宜生长繁殖，pH>7.5或pH<4.5时，生长受抑制。

从超微结构观察，无完整的线粒体，此与其他原虫有很大不同，无厌光性及嗜光性，通电偏向阴极。

在人体体液中，状态不同，在白带中可见繁殖，在精液中也可见繁殖，但在尿中未见繁殖。虫体内进行厌气性及嗜气性代谢，糖分解，ACA-环上的酶基本在虫体内含有，细胞呼吸色素系酶有ATP酶，能利用的营养液有肝糖、葡萄糖、果糖各种氨基酸蛋白等。在培养基中加入葡萄糖，同样促使繁殖旺盛。