阴道滴虫病的病原体是阴道毛滴虫。毛滴虫是一种寄生虫，但是肉眼看不见，这种毛滴虫呈梨形，长为10～30μm，头部有4根与虫体等长的鞭毛，在显微镜下可以清楚地看到这种毛滴虫。毛滴虫对不同的环境适应力很强，能在25℃～42℃条件下生长繁殖，3℃～5℃的低温可生存21天，在46℃时仍能生存20～60分钟，脱离人体后在半干燥的条件下也可生存数小时。毛滴虫不但寄生于缺氧的阴道内，并可侵入尿道和尿道旁腺，甚至于上行至输尿管及肾盂。最适宜于毛滴虫生长的pH值是5.5～6，如pH为5以下或7.5以上则毛滴虫的生长会受到抑制。

阴道毛滴虫的致病力随虫株及宿主的生理状况、免疫功能、内分泌以及阴道内是否有细菌或真菌的感染发生改变，尤其是妇女在妊娠及泌尿生殖系统生理失调时更易出现炎症。被滴虫感染数天之后，阴道粘膜开始出现充血、水肿，上皮细胞变性脱落。我们知道，健康妇女的阴道内由于乳酸杆菌的作用，PH值(酸碱度)维持在3.8-4.4之间，可以有效地抑制其他细菌生长，也不利于滴虫生长(称为阴道的自净作用)。然而滴虫在阴道中消耗糖原，妨碍了乳酸杆菌的酵解作用，影响乳酸浓度，从而使阴道PH值转为中性或碱性。妊娠及月经后的阴道生理周期使PH接近中性，这些都有利于滴虫繁殖，因而感染率和复发率都较平时高。