支原体衣原体对男性生育能力的影响目前已有较肯定的认识，其机制虽然复杂，尚未完全明确，但支原体衣原体的感染会使精子尾部卷曲，支原体衣原体吸附在精子上使精子臃肿，覆盖精卵的识别部位，影响其活动及穿透能力；此外，通过性交，男性的支原体可进入女性生殖道，引起子宫内膜炎、输卵管炎、卵巢炎、自发性流产和宫内死胎等，也会影响生育力。