现代医学关于子宫内膜异位症的发生机制有以下几种学说：

①Sampson学说：即月经血倒流学说。月经血经输卵管倒流，引起子宫内膜碎片异位播散而种植于盆腔组织及其他脏器。

②体腔上皮化生学说：女性生殖系统上皮、卵巢生殖上皮及盆腔腹膜均起源于体腔上皮，当受到炎症、创伤、雌激素过高等因素影响时，可使体腔上皮化生而生成子宫内膜样组织，80%的子宫内膜异位症发生在卵巢，与卵巢生发上皮的化生潜能有关。但目前很多学者认为腹膜刺激合并子宫内膜异位症是果而不是因。而且腹膜刺激都发生在异位灶以外的部位。

③淋巴及静脉播散学说：是指子宫内膜碎屑通过淋巴或静脉播散至远离盆腔的器官如腹腔后的淋巴结、输尿管、肺、胸膜、大腿、手、臀、淋巴结等组织。

④直接种植：是指将子宫内膜带至腹壁手术切口，或宫颈、阴道、会阴伤口等处，是医源性种植。如剖腹取胎术后可见腹壁疤痕子宫内膜异位症，或分娩后会阴切开处发生子宫内膜异位症等。

⑤基因学说：某些子宫内膜异位症患者，在其家属中同病的发生率较一般妇女为多，因而推测可能有遗传基因的存在。

⑥Koninckx等学说：最近Koninckx等提出在子宫内膜异位症患者中常合并黄素化未破裂卵泡综合征(luteinized unruptuted follicle syndrome,简称LUFS)。由于LUFS，卵泡未破裂，腹水内雌、孕激素的浓度低，有利于子宫内膜细胞种植而易发生子宫内膜异位症，此学说尚待进一步证实。

⑦免疫学学说：现已证实妇女细胞免疫缺陷易发生子宫内膜碎片移位、种植而发生子宫内膜异位症。

本症的病理特点是异位的子宫内膜受性激素的影响，发生反复周期性出血从而导致病灶周围组织纤维化，最后形成结节或包块。切开包块及结节，可见陈旧性出血及瘢痕，显微镜下异位灶应含子宫内膜的间质、红细胞及含铁血黄素巨噬细胞。异位子宫内膜的组织结构与正常内膜基本相同。异位内膜也受性激素影响，可呈增生或分泌反应。但不一定与正常子宫内膜同步。异位内膜对激素反应不如正常内膜敏感，特别对孕酮常缺乏反应，可能是由于病灶周围大量纤维组织增生，影响血供或异位内膜尚不成熟。在盆腔子宫内膜异位症中，以卵巢子宫内膜异位症为多见，可形成囊肿内含褐色糊状液体，称为子宫内膜异位囊肿，又称为卵巢巧克力囊肿。此外子宫直肠陷凹部腹膜及子宫骶骨韧带亦是常见发病部位，病变部位呈斑点状或小结节，其关头颜色可以呈红色、褐色灰色，白色等。