报道，490例不孕症腹腔镜检查中，229例为不同期别的子宫内膜异位症。

输卵管双侧通畅的为50例(21.8%)，一侧通畅，另一侧欠通畅或阻塞者为73例(31.7%)，双侧欠通或一侧欠通、一侧阻塞者为72例(31.3%)，双侧不通者49例(21.3%)。双侧输卵管不通肯定不能自然致孕，占内异症不孕的1/5;双侧或一侧通而不畅者占1/3弱;1/5双侧皆通或一侧通占到1/3弱。输卵管阻塞或通而不畅者，以及伞端周围有粘连，皆影响卵细胞进入输卵管内。但一侧通畅输卵管，甚至两侧都通者，也发生不孕。此外，卵巢受异位子宫内膜破坏也影响卵细胞发育或排卵及黄体功能不健。上述变化容易解释不孕机制。内异症患者自身免疫反应也对精子和受精卵不利。

内异症患者流产率也较高。据Jones及Jones和Naples等报道，内异症受孕者流产率可同达44～47%。Naples还报道，内异症患者经手术治疗后，流产率下降到8%。