有的人认为作了手术或停经后就不会再出现子宫内膜异位症，事实上并非如此。如严重的子宫内膜异位症还会在停经后继续活跃，就是因为体内其他器官不断地分泌荷尔蒙，因而使子宫内膜继续生长和产生疼痛。

其主要的原因是卵巢并不是身体内唯一生产雌激素的器官。在停经之后，肾上腺是荷尔蒙来源的另一地方，所以在停经后体内仍有足够的雌激素去刺激子宫内膜的增生。更进一步使这些子宫内膜最后成了独立的组织，不受任何内分泌的影响。如果病人的体重增加而超重的话，肾上腺用来制造雌激素的脂肪会更多，因此患这种疾病的机会就更大。由于子宫内膜可能在服用荷尔蒙后受到刺激而增生，有些专家提出得子宫内膜异位症的病人做子宫和卵巢切除手术之后，暂时不应该让病人服用女性荷尔蒙。